Diergaarde Blijdorp is natuurlijk geen natuurbeschermingsorganisatie zoals het Wereld Natuurfonds, Greenpeace of Stichting Natuur en Milieu. Blijdorp, als dierentuin concentreert zich op het fokken en in stand houden van veelal bedreigde diersoorten. Door het laten zien van dieren en planten probeert Blijdorp haar bezoekers bewust te maken van de bijzonderheid en de waarde van de natuur en de organismen daar binnen. De realisatie van deze doelstelling heeft tot nu toe vorm gekregen in de omvorming van het oude Blijdorp in een biotopentuin. Tenslotte steunt Blijdorp op kleine schaal natuurbeschermingsprojecten ter plekke, die echter wel een duidelijke relatie hebben met de Blijdorp‑collectie (zie 'natuurbehoud').

Natuurbeschermingsfonds
Sinds enige jaren steunt Blijdorp natuurbehoudsprojecten in de wereld; daar waar bepaalde dieren en planten, die ook in Blijdorp te zien zijn, worden bedreigd (i.s.m. Stichting Dierentuinen Helpen). Immers, dierentuinen kunnen nog zo hun best doen, maar bescherming van dieren en planten in hun natuurlijke leefgebied blijft toch het allerbelangrijkste. Vaak steunen we met know-how, soms door dieren beschikbaar te stellen voor herintroductie, maar meestal gaat het om financiële bijdragen. Geld dat we van onze bezoekers hebben gekregen tijdens speciale thema-avonden, via collectebussen, via rondleidingen of dankzij het recyclen van mobiele telefoons. De Afrikaanse projecten worden gefinancierd via het Thandizafonds. Dit fonds is gevuld door een enkele grote sponsor en Blijdorp zelf, en de Diergaarde beslist welke projecten hieruit gefinancierd kunnen worden. De projecten moeten wel binding hebben met de collectie of de activiteiten in Blijdorp.

Projecten
Klik hier voor natuurbehoudsprojecten.

Fokprogramma's
Voor Diergaarde Blijdorp is natuurbehoud één van de belangrijkste doelstellingen. Vandaar de actieve deelname aan negentig fokprogramma’s voor bedreigde diersoorten waar Blijdorp aan deelneemt (en waarvan we er 10 coördineren). 

In Europa zijn dit de zogenaamde EEP-programma's (EEP = European Endangered Species Programma).  Blijdorp coöِrdineert de Europese fokprogramma's (EEP's) van o.a. de Aziatische olifant, giraffe, boomkangoeroe, Mantsjoerijse kraanvogel en kroonduiven en bovendien het wereldwijde fokprogramma van de kleine panda. Daarnaast streeft Blijdorp ernaar, om binnen de grenzen van haar mogelijkheden, bedreigde dieren ooit weer naar hun oorspronkelijke leefmilieu terug te brengen. Er bestaan al enkele succesvolle voorbeelden van dergelijke 'reïntroductieprojecten' bij o.a. Arabische oryxen, Europese wilde katten en oehoes.